El cargador CTEK 300 es un muy buen cargador, pero no puedes cargar dos bancos de baterías y no te sirve ponerle un separador de carga porque no funcionaría.
Lo mejor que puedes hacer es colocar un relé de carga que hace que se carguen los dos a la vez cuando funciona el cargador.
Con eso no tendrás problemas, te dejo un enlace del relé de carga y como lo debes de instalar.
http://surelectrix.com/surelectrix/p...id_product=425
Un saludo,