Hola piratilla84, yo actualmente resido en un pueblo de la costa gipuzkoana pero soy de la capi ¿ te valdrá, no ?
Al grano
Que yo sepa en Donosti no hay librerías náuticas

No sé a que tipo de libros te refieres, didácticos, literatura, etc.
Algo podrás encontrar en librerías como Elkar y Lafnac pero no esperes encontrar algún incunable en sus estanterías.
La verdad es que es una pena que no haya un comercio especializado, aunque también es cierto que en una capi pequeña será un tema complicado...
Elkar la encontrarás en la parte vieja, en la C/ Fermín Calbetón, son dos pisos. Los temas náuticos están en el piso superior.
Lafnac está en el centro, en la calle Urbieta.
Yo siempre he encontrado más material en Elkar. Las dos tienen web.
En el Museo Naval y el Aquarium también puedes encontrar alguna cosilla a la venta dependiendo de lo que busques...
Un saludo y feliz estancia.