[Oscar1966]

Invalor, lo primero que tienes que decidir es qué uso quieres para las baterías. Básicamente, hay dos tipos de instalación según el uso de las baterías.
Puedes usar una batería para servicio y otra para arranque. Si la de arranque se descarga, mediante los desconetadores puedes poner ambas baterías en paralelo, así arranque y servicios se usan para poner en marcha el motor en caso de emergencia.
El otro tipo de montaje, que es el que yo tengo, las dos baterías van a un interruptor/selector de cuatro posiciones (0 - bat1 - bat1+2 - bat 2). Si lo pones en posición bat 1, la batería 1 alimenta tanto servicio como arranque. Si lo pones en bat 1+2 ambas baterías se ponen en paralelo y alimentan servicio y arranque. Nunca pongas 0 con motor en marcha o e cargarás el alternador (tampoco te aconsejo que cambies el selector de bat1 a bat2 con el motor en marcha).
En cuanto al repartidor de carga, tendrás que ver su manual y esquemas de conexiones. Hay dos opciones: (1) tiene una entrada desde el positivo del alternador y dos salidas a los positivos de las baterías; (2) simplemente tienes que conectar los positivos de las dos baterías. En cualquier caso, es mejor que veas el esquema de instalación en el manual.

Saludos.