Yo he tenido ese problema en particular, no con Navigatrix en si, sino con un Lubuntu que en cierta maquina se niega a apagarse del todo. Solo me pasa con ese entorno de escritorio y como es el mismo de Navigatrix el problema podría venir por ese lado.

Si es así no es muy relevante. Yo me limito a apagar el PC físicamente y ya está. No se daña nada si ves qu el disco duro ya no trabaja, simplemente la señal de apagado no llega o no lo hace en el "idioma" correcto.

Si es un portátil se puede forzar el apagado pulsando durante unos segundos la tecla de encendido hasta que se apague.