Sí, Eduardo4 y Tam. Se puede hacer y se hace.
Aunque en algunas Capitanías ponen pegas a la hora de hacer el embarque, el autónomo debe estar cotizando en el ISM, con titulación, certificados, revisión médica, etc.. Y hay que presentar un contrato, para ello te sugiero buscar en google NO modelos de "contrato laboral", sino modelo para "
contrato de prestación de servicios", hay un montón, que se pueden adaptar a cada caso.
Salud
y suerte