Yo he conseguido el justificante de la no sujección al IEDMT que consegui bajar en el portal de la agencia tributária (con certificado digital), pero esto no funciona para matriculaciones antiguas.
http://www.agenciatributaria.es/AEAT...ansporte.shtml
El original se lo había quedado la capitania cuando lo habia matriculado en España, pero si tienes suerte y la persona que trabaja en el archivo del registro de buques de la capitania está por el labor de te hacer el favor, puedes conseguir que te den una copia (tb lo he conseguido así).
Por otro lado con el numero de casco la agencia tirbutaria deberia saber si el impuesto está abonado o si está tramitada la no sujección y ese deberia ser el labor de la guardia civil, contactar con AT y comprobar.