Protocolo para cargar baterias

Sencillamente... en el tema galvánico... NO.

En el tema eléctrico lo puede conectar directamente a la-s bateria-s sin necesidad de hacer nada, ni siquiera desconectarlas. Yo lo pondría en modo 3 cuando estoy en puerto y consumiendo y si lo quiero dejar manteniendo en flotante modo 1 para periodos largos.
En cualquier caso 3,6 AH difícilmente dañaran una batería de barco con (normalmente) 100 AH o mas.
Mientras consumimos (luces nevera electrónica etc.) en puerto el cargador va dando corriente y cuando dejamos de consumir va cargando bateria. Yo lo he usado así en mi anterior barco por años y el sistema funciona bien.