Yo como ya te han comentado pienso que el problema puede estar en el flujo que te permite el filtro, los filtros estan pensados para un flujo de combustible por unidad de tiempo y se compran segun potencia del motor, si el filtro no da a basto y ademas esta parcialmente obstruido puede hacer que no llegue combustible suficiente al motor.
Ademas has de tener en cuenta que la combustion depende del aire (turbo...) y del combustible (inyectores..) y que tu ahora utilizas un combustible con residuos filtrables que en teoria debe ser de peor calidad.
Yo tambien he tenido problemas de este tipo y tras varios intentos con diversos productos con reduccion inicial de la "fauna" al final he tenido que limpiar los depositos. No hace falta varar, en mi caso fue llenar a tope y con una maquina lo recirculan y filtran devolviendolo al deposito, luego añaden productos para matar desprender la fauna de las paredes y a los dos dias le vuelven a pasar la maquina de los filtros para retirar todo.
Te pongo unas fotos de la pared de un tanque y de dos botellas de diesel para que te hagas idea de lo que hablamos.
