Impto. Transmisiones Patrimoniales

[otoio]

Nada como consultar en San Google...
Hay que currárselo un poquito... Y hasta una llamada por teléfono a las oficinas de la Hacienda valenciana, seguro que te habría arrojado luz y no pasarías tanta zozobra...

Para bienes muebles (en este caso transmisión de embarcaciones de segunda mano), es el 4%:

http://www.gva.es/es/inicio/procedimientos?id_proc=12:

* TIPOS DE GRAVAMEN
El tipo de gravamen al que tributan las citadas transmisiones patrimoniales onerosas es del 4%.

En ese enlace tienes más info sobre la documentación a llevar, modelo (es una página de trámites on line), etc.
Por cierto, la base imponible (la base sobre la que aplicar el 4%) dice que es:

* BASE IMPONIBLE
La base imponible del impuesto está constituida por el valor real del vehículo.
En el caso de que el valor declarado sea el de compra y éste sea inferior al resultante de la aplicación de las tablas de precios medios fijados anualmente por el Ministerio de Economía y Hacienda, la Administración podrá proceder a la comprobación del valor declarado girando la liquidación complementaria que corresponda.
Podrá conocer el valor oficial del vehículo según tablas aprobadas por el Ministro de Economía y Hacienda.

Si como decías la embarcación no está en tablas, creo que te dirán que pagues sobre el precio pagado.

Aunque lo del valor real, es para escribir un libro.
Pero si el 4% del precio que tengas en contrato o lo que firmes no es mucho importe, yo no haría mucha bulla y liquidaría sobre ello. Dejarlo pacífico.

Por cierto, en tu primer mensaje decías:

Alguien me puede aclarar cual es el porcentaje que hay que pagar por este impuesto en la Comunidad Valenciana?.
En unos casos (gestor náutico) me aseguran que es el 4% del valor declarado en factura

Lo de la factura, ¿qué quieres decir?

Si te lo vende un empresario, aunque sea de segunda mano, aplicará IVA, ya sea por el régimen general ya sea por el REBU (Régimen Especial, de IVA, de Bienes Usados).
Si es así, la venta se sujeta a IVA Y NO PAGAS IMPUESTO DE TRANSMISIONES PATRIMONIALES (ITP).

Aunque puede que te digan que lo tienes que liquidar como no sujeto al ITP, si es que en Capitanía no te admiten la factura del vendedor. Que deberían, pero a veces, se quieren curar en salud y te piden que lo presentes a la Hacienda, como no sujeto al ITP, para que sea ésta la que de "visto bueno" a la operación.

Si con "factura" te refieres a un contrato de compraventa entre particulares, ahí sí se paga ITP, pues no interviene el IVA.

Espero haber sido claro, aunque sea largo...