Gestión de las baterías.

[Galeon de Manila]

lo mejor es que instales un repartidor de carga, cuestan a partir de unos 70 euros.
Como has dicho una batería la destinas solamente a arranque de motor y otra para elctronica y demás. Cuando funciona el motor ambas se cargan.
De esa manera no necesitas un selector y evitas los problemas asociados.
Espero que te sirva este consejo.