Eslora, eslora, eslora cual es la buena ???

[_Pedro_]

Con el BOE que dices en la mano podrías exigir al inspector que te haga el certificado de navegabilidad que te ponga la eslora del 80% de la total. Aunque te la medirá, así que más vale que de verdad sean 12,12.
Por otro lado, ¿el barco tiene certificado CE? Si no lo tiene necesitarás un proyecto para poder abanderarlo, y en ese proyecto tendrá que aparecer la eslora. Sería cuestión de hablar con el ingeniero que lo vaya a hacer y ver qué entiende él por eslora del barco.
En cualquier caso, pelarse con la capitanía de turno es como pelearse contra la pared, así que podrías hablarlo primero con ellos a ver qué opinan al respecto.