No entiendo bien si el puerto base es en España, en Portugal, o es que antes estuvo en España y luego en Portugal.
De todas formas, la nueva regulacion exime las importaciones de barcos ya matriculados. Por tanto:
A. Si tu eres residente español y el barco era tuyo y ya estaba oficialmente en un puerto español el 1 de enero de 2011, entonces teoricamente no puedes acogerte a la exencion. De hecho, estas en situacion de incumplimiento de la obligacion de matricular, con todo lo que ello conlleva, incluida la posible multa de hasta 120.000 €.
B. Pero si el barco lo tenias en un puerto portugues y no navegabas por aguas jurisdiccionales españolas, no tenias obligacion de matricularlo. Y ahora podrias importarlo -traertelo a un puerto español-, pagar el impuesto y no matricularlo. Entonces se te aplica la exencion establecida en la DA1.2 y, por tanto, no tienes obligacion de matricularlo y puedes mantener de por vida la bandera britanica.
No se si ahora te habra quedado claro.
Es mas, en el caso B, seria discutible si tienes que pagar el impuesto, porque quiza pueda considerarse que cumples los requisitos para gozar de la exencion (por tratarse de un simple traslado de un barco que ya era tuyo desde hace mas de un año, equiparandose asi a la exencion por cambio de residencia). Sinceramente, eso no lo he estudiado, pero es planteable. Por si acaso, para no perder la opcion, lo que yo haria es pagar el impuesto mediante autiliquidacion y presentar un recurso contra la autoliquidacion que tu mismo has hecho, alegando que estas exento porque el barco ya era tuyo desde hace mas de un año. Redactalo tu mismo, basandote en el articulo 65.1.d de la Ley de Impuestos Especiales, asi si sale mal (que es muy posible) no gastas dinero absurdamente.