te pueden cobrar el IVA del alquiler del amarre

[ironia]

El contrato manda y lo que diga se hace.
Si era verbal te costará demostrarlo con las transferencias periódicas.
Por otro lado quien cambió las condiciones fue el al pasarlo a nombre d la empresa, ahí tienes argumento para negociar, también en el hecho de la actividad de la empresa a la que está puesto, ya que si su actividad principal no es esa, le puedes presionar también con eso, pues él tendría que pagar por otro epígrafe más impuestos.

Creo que a las malas los dos salen perdiendo, así que recomiendo negociar fuerte si tienes contrato y aferrarte a él y si no un Fifty/Fifty