Yanmar... humo negro!

[Choquero]

Reduce el problema a falta de aire o exceso de combustible y creo que estarás en el camino adecuado. El hecho de que el filtro se vea brillante no es síntoma de que esté limpio ya que el elemento filtrante está contenido dentro de la maya metálica, sácalo y si lo puedes limpiar, hazlo, si no sustitúyelo. Muchos motores en la mar van sin filtro de aire, pero en el caso de un motor metido en la sentina de un velero, la suciedad puede acabar obturando el filtro y dando los síntomas que dices.
Por otra parte, si no tienes filtro decantador entre el depósito y la bomba inyectora, si ésta absorve el agua de condensación del depósito de gas-oil acabarán por averiarse los inyectores, concretamente las toberas perderán su calibre, lo que hará que el inyector en vez de pulverizar el gas-oil en la cámara/precámara, lo haga gotear, produciendo una combustión incompleta y por tanto una buena ración de humo negro.
La falta de compresión es equivalente a la falta de aire en la cámara a la hora de la inyección, ya que el aire se escapará a través de los segmentos hacia el carter, lo puedes comprobar a través del tapón por el que viertes el aceite cuando haces el cambio o a través del orificio de la varilla de nivel, según la disposición del motor. Puede salirte un humillo azulado en ocasiones por alguno de estos lugares.
Si el motor fuese turbo se podría achacar también a falta de engrase en los rodamientos del eje de los álabes de la turbina (es una avería común la rotura del tubo de lubricación por las vibraciones), que al gripar dejan de girar, por lo que el turbo se vuelve inoperante, el motor en este caso funcionará casi con normalidad hasta la entrada en funcionamiento del turbo, normalmente entre 1800/2300 RPM, depende de la configuración del motor, hasta ese momento funcionan casi como un motor atmosférico normal, pero a partir de ese rango de RPM entra el turbo proporcionando un mayor aporte de aire al cilindro, por lo que se aprovecha para que la bomba inyectora introduzca una mayor cantidad de combustible al mismo, logrando así mayores potencias sin tener que incrementar la cilindrada del motor, puedes deducir de ésto que si el turbo no va, al meter más gas-oil en el cilindro con el aire que proporciona la aspiración natural (menor cantidad), se produzca el humo negro.
No creo que te ayude este ladrillo a resolver el problema, pero al menos te proporcionará una herramienta para investigar o comprender el porqué de estos problemas (al menos eso espero)