Otra de baterias

[0tilio]

Para independizar los dos circuitos yo conectaría un segundo cable a la batería 2 para llevarlo al cuadro general y suprimiría la anterior entrada desde el separador al cuadro. El resto de las conexiones, todo igual.
Eso en cuanto al consumo.
En cuanto a la recarga, un cargador medianamente inteligente, que distinga los dos diferentes estados de carga de las baterías y cargue a tope las dos desde la toma de puerto y para la carga desde el alternador un regulador de carga capaz de lo mismo, como éste: http://www.balmar.net/PDF/Duo%20Charge%20Manual.pdf
o éste: http://www.adverc.co.uk/technical/technical-faq.asp
Los reguladores de carga inteligentes y sus primos los cargadores listos ya han pasado por la Taberna, solo hay que hacer trabajar al buscador.
Espero te sirva de orientación